Istnienie parafii św. Andrzeja Apostoła w Gilowicach po raz pierwszy wzmiankuje spisu świętopietrza z lat 1325–1327, z którego wynika, że przed 1325 r. na terenie Żywiecczyzny istniała parafia w Starym Żywcu oraz w Gilowicach. Sieć powstających w tym czasie parafii związana była z postępującym procesem osadniczym, który nasilił się na terenie Żywiecczyzny za sprawą książąt oświęcimskich w 2. poł. XIII w. tuż po najazdach tatarskich. W ramach kolonizacji na prawie niemieckim, tzw. magdeburskim, lokowano Żywiec oraz niektóre okoliczne wsie, w tym zapewne Gilowice, za czym może przemawiać pierwotne nazewnictwo wsi – Gigersdorf sue Gerowicz, użyto w spisie świętopietrza.

Nazwę miejscowości wójt żywiecki Andrzej Komoniecki (ok. 1658-1729) w Dziejopisie żywieckim tłumaczy następująco: „Gilowice nazwane, iż w tym polu koło rzeki, gdzie wieś osadzona, gilów ptaków najwięcej bywało i gnieździło się”. Jan Długosz, w pisanym w latach 1470-1480 Liber beneficiorum, obok parafii w Żywcu, z podległymi jej filialnym kościołem macierzystym w Starym Żywcu oraz kościołem w Cięcinie, wylicza także Lipową, Łodygowice (1373), Radziechowy (1390), Rychwałd (1472) i Łękawicę (ok. 1480), nic już nie mówiąc o Gilowicach, co znaczy, że siedziba parafii z nieznanych nam przyczyn została najprawdopodobniej przeniesiona do sąsiedniego Rychwałdu. Gilowice pozostały filią parafii w Rychwałdzie aż do 9 XI 1925 r., kiedy to biskup krakowski Książe Adam Stefan Sapieha na nowo powołał tu parafię, zastępując w ten sposób istniejącą od 1890 r. przy kościele św. Andrzeja Apostoła ekspozyturę, utworzoną przez kardynała Albina Dunajewskiego. Dotychczasowy ekspozyt ks. Teofil Papesch został pierwszym gilowskim proboszczem. W 1962 r. ówczesny arcybiskup krakowski Karol Wojtyła posłał do Gilowic pierwszego wikariusza – ks. Franciszka Czerniawskiego.

Parafia św. Andrzeja Apostoła w Gilowicach w administracji kościelnej wraz z całą Żywiecczyzną przez całe wieki przynależała do rozległej diecezji krakowskiej w ramach dekanatu oświęcimskiego. Następnie na mocy dekretu biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego z 21 X 1644 r. weszła w skład nowoutworzonego dekanatu żywieckiego, podzielonego dopiero na dwie części w 1925 r. Wtedy Gilowice już jako samodzielna parafia stała się częścią dekanatu Żywiec I. Sytuację obecną wykreowała bulla papieża Jana Pawła II Totus tuus Poloniae populus z 25 III 1992 r., na mocy której powołano do istnienia diecezję bielsko-żywiecką. Jej pierwszym biskupem ordynariuszem został pochodzący z Gilowic ks. prałata Tadeusza Rakoczy, który sakrę biskupią przyjął z rąk św. Jana Pawła II w Bazylice św. Piotra w Watykanie 26 IV 1992 r. Nowy biskup reorganizując sieć dekanatów w ramach granic nowej diecezji, przywrócił do istnienia dawny dekanat żywiecki, który swoimi granicami objął także parafię św. Andrzeja Apostoła w Gilowicach.